・disc1（の、可能な限り最後の方）で念のためゲーム内セーブ、後、エミュ上でディスク交換待ち画面まで持っていったところでフリーズデータ保存

・エミュ終了してフリーズデータ退避

・disc2をエミュに喰わせて起動、disc1を入れろと言われた時点でフリーズデータ保存

・エミュ終了してフリーズデータ退避

・disc1で保存したフリーズデータ（のコピーを取って、できた方！）をリネーム、disc2で保存したフリーズデータの名前にする

・再度、disc2をエミュに喰わせて起動、やはりdisc1を入れろと言われるので、リネーム済みのフリーズデータをデフロスト

・その状態のまま、改めてエミュ上でdisc2をぶん回してエミュに認識させる

うまくいったらdisc2の本物のフリーズデータはもう要らない

追記

エンド後に即コンティニューでdisc1を要求されるケースが多少ややこしいけど原理はいっしょ。

・そのコンティニューの後のディスク要求画面でフリーズ、エミュ終了、フリーズデータは保存後にdisc1のデータ用としてリネーム

・エミュ起動してdisc1を喰わせて、「エンド直前のゲーム内セーブデータをロードさせずに」リネーム済みフリーズデータをデフロスト

・その状態のまま、改めてエミュ上でdisc1をぶん回してエミュに認識させる

諸々の癖や相性問題やバグに備えて、

・フリーズデータのハンドリング用スロットをひとつかふたつ余分に見ておく

・一定時間ごとにフリーズデータをばんばん上書きして追いついておく

などもいいかも。

約1時間半程度の分量をやられました。