日本語環境のYosemite上でOnyxを使って何か設定をいじり（FinderやDock周りがやばそう）、その後、表示名に日本語を含むアプリがDock上で化けてた場合、そのアプリを「Finder上に表示」させると即時反映されて文字化けが直る。